Hlavním cílem jejich aktivit je online film aktuálně hacker známý jako “Pán loutek”, nabourávající se do kybernetických mozků významných osobností i obyčejných lidí. Agent Batou a jeho partnerka Motoko Kusanagi, která disponuje stoprocentně kybernetickým tělem, se pouštějí do napínavého lovu, na jehož konci již nic nebude tak jednoznačné jako dříve.